První informace o přístavu jsou z roku 1879, kdy zde bylo vybudováno krátké překladiště, které roku 1891 bylo protaženo do délky 2 334 m a sloužilo pro překládku zboží přicházejícího ze severních Čech. Hlavní komoditou byl v té době export dříví. Za vznikem překladiště (ze železnice na lodě v lokalitě Loubí), vlastně může nesouhlas saského parlamentu, který zamítl vedení železniční tratě Rakouské severozápadní dráhy zřídit na svém území do Drážďan a dále do Berlína železniční trať, která měla vést z Děčína (jako odbočka z Děčínského tunelu pod Kvádrberkem) po pravé straně řeky Labe. Protože od roku 1870 nebyla vodní cesta po Labi zatížena žádnými celními poplatky, vznikl tak projekt konkurující německým drahám. Překladiště bylo vybudováno v letech 1879–1880 a v půlce března 1880 už bylo uvedeno do provozu. Z Děčínského tunelu byla vybudována odbočka a vlečka až do přístavu. Projekt byl úspěšný, protože se překladiště už po pěti letech rozšířilo i směrem k Děčínu a dosáhlo tak délky 3 300 m. Byla zde vybudována řada dřevěných skladů a nákladních ramp. V roce 1892 byla zřízena další železniční kolej vedoucí z Děčína do překladiště, kvůli které byl vybudován Loubský tunel pod Popravčím vrchem, zakončený v Kvádrberku. Překladiště bylo dále komerčně úspěšné, a to i v době vzniku Československa. V roce 1930 v přístavu pracovalo 25 parních jeřábů i elektrický dopravník na obilí. Útlum rozvoje přinesla hospodářská krize a po ní druhá světová válka. Modernizace překladiště přístavu probíhala ve dvou samostatných etapách. První etapa je překladiště Nové Loubí (blíže k Děčínu) v letech 1952–1957. Vystavěna byla 1 000 m dlouhá přístavní zeď s dostatečnou výškou (poprvé se po ní přelila voda až pří extrémní povodni v roce 2002) a jeřábovou dráhu pro šest portálových jeřábů. V druhé etapě budované v letech 1967–1972 proběhla rekonstrukce překladiště nad železničním mostem ve Starém Loubí, nazývané kontejnerový terminál. Po roce 1989 i zde proběhla privatizace. Od roku 2003 je přístav Děčín-Loubí veřejným přístavem a jejím majitelem je společnost Česko - saské přístavy s.r.o. (ta vlastní též přístav v Lovosicích) jako součást skupiny SBO-Sächsische Binnenhäfen Oberelbe GmbH (737,80–739,78), Argo Building, a. s. (740,23–737,80), Ředitelství vodních cest (740,23–740,32) a České přístavy, a.s. (740,10–740,23 a 740,32–740,50). Do roku 2001 byla největším zaměstnavatelem ve městě společnost Československá plavba labská a.s. Po jejím úpadku byla velká část zaměstnanců propuštěna. V roce 2002 zaniklou společnost odkoupila mezinárodní přepravní společnost pro všechny druhy dopravy objemných nákladů a kontejnerový terminál ARGO Bohemia a.s., a se s níženým počtem pracovníků (proti roku 2000 pouhých 29,3 %) opět obnovila její provoz.

V současné době (2021) je přístav údajně největším českým přístavem s vysokými portálovými jeřáby. Přístav slouží jako překladiště pro moderní terminál kombinované dopravy s napojením na lodní, silniční i železniční dopravu.

Plavba na Labi se v současnosti provozuje zejména pro přepravu nákladů. V přístavu Děčín-Loubí je železniční doprava historicky přirozená a dostatečně kapacitní pro většinu logistických úloh. Nákladní dopravu zajišťují i jiné společnosti, automobilové a železniční. Kůrovcová krize sem přivedla kalamitní dřevo z národního parku České Švýcarsko, kdy na území veřejného přístavu dochází ke kompletaci exportních vlaků se dřevem a s intenzitou odpovídající hrozbě, které naše lesy čelí. Železniční doprava zde vstupuje i do procesu přeprav ocelového odpadů z produkce lisoven. Tato doprava, zejména při nízkých vodních stavech, často musí nahrazovat efektivnější, tradiční vodní dopravu. Na děčínském terminále se slibně rozvíjí kombinovaná (kontejnerová) doprava se silničními asfalty. Jedná se o svoz z rafinérii a po meziuskladnění export po železnici k pravidelnému kontejnerovému vlaku. Přístav zajišťuje i ostatní obvyklé aktivity, jako pronájmy prostor a ploch, služby veřejného přístavu. Ostatní aktivity jsou doplňkem, který nemá rozhodující vliv na efektivnost přístavů. Rovněž tak překlad těžkých a nadrozměrných dílů v Děčíne je díky nízkým vodním stavům často znemožněn a efektivitu nepřináší. Přístav Děčín-Loubí, díky svému dispozičnímu uspořádání (přístavní zeď na volném toku Labe), nemůže plnit při velkých vodních stavech ochrannou funkci.

Osobní pravidelná plavba v současnosti neexistuje, oblíbené jsou ale různé příležitostné plavby např. do Německa nebo do oblasti Hřenska. Pod děčínským zámkem kotví vyhlídková loď Děčín.